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Cell | 单细胞技术揭示人肝细胞图谱
目前对肝脏细胞层面的研究较少，今天我们来看一篇单细胞分析肝脏的文章，原文题目为：A human liver cell atlas reveals heterogeneity and epithelial progenitors 该团队对来自9个正常人体的肝组织的10000+个细胞进行单细胞分析，描绘了一个详尽的肝细胞图谱（GSE124395），确认了内皮细胞、Kupffer细胞和肝细胞新的亚型。 根据本研究，该团队还制作了网页版图谱，网址为：http://human-liver-cell-atlas.ie-freiburg.mpg.de/，以供更好的交互和可视化。 ? 3.人肝免疫细胞群 对CD163+VSIG4+ Kupffer细胞进行详细分析，发现其亚群具有明显的基因表达特征。 另外，还检测了Kupffer细胞亚群与内皮细胞之间的共享基因表达和通路，进一步证明不同的细胞类型显示功能合作。
6.6K31发布于 2020-03-30 - 来自专栏单细胞天地
神经调节蛋白4通过抑制肿瘤易发的肝脏微环境抑制NASH-HCC的发展
库普弗细胞（Kupffer cell）：肝脏中的巨噬细胞，主要负责清除血液中的细菌和废物。 T细胞（T cell）：一类免疫细胞，主要负责细胞免疫应答，包括杀伤感染细胞和调节免疫反应。 B细胞（B cell）：一类免疫细胞，主要负责产生抗体以及参与体液免疫应答。 分裂细胞（Dividing cell）：正在进行细胞分裂的细胞。 浆细胞B细胞（Plasma B cell）：B细胞分化为的一种细胞类型，主要负责产生和分泌抗体。 MAC1代表Kupffer细胞，肝脏的驻留巨噬细胞； MAC2和MAC4对应于经典和非经典单核细胞，可以通过其Ly6c2和CD43的表达来区分； MAC3含有主要来源于Nash肝脏的巨噬细胞，也被被称为 速度分析探索不同巨噬细胞亚型之间的关系，基于未剪接的前mRNA和成熟的mRNA的相对丰度来推断细胞状态的轨迹 从经典单核细胞到NAMS和KC亚群的显著细胞状态转变，与之前的研究结果一致，单核细胞在慢性肝损伤和炎症期间为新形成的Kupffer
47810编辑于 2024-04-19 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
Cell Brower
推荐一个单细胞数据交互式可视化软件：Cell Brower http://cells.ucsc.edu/ 这个软件可以查询一些已有的数据库，并且可以将自己的单细胞数据上传形成一个简单查询的网址: 这个是现在已有可以查询的单细胞表达的数据库 image.png 要是想将自己的单细胞数据形成查询网站的话，可以安装cell brower，但是目前只能在Mac和linux下面使用： 安装网址：https://cellbrowser.readthedocs.io
60020发布于 2020-10-10 - 来自专栏单细胞天地
scMayoMap自动注释-应用版
<- scMayoMap.obj$markers$genes[scMayoMap.obj$markers$cluster==0 &scMayoMap.obj$markers$celltype=='B <em>cell</em> ' celltype[celltype$ClusterID %in% c( 1,5,6,8,10,13 ),2]='<em>Kupffer</em> <em>cell</em>' celltype[celltype$ClusterID %in% c( 0,3,4 ),2]='T <em>cell</em>' celltype[celltype$ClusterID %in% c( 7 ),2]='Monocyte' celltype ' celltype[celltype$ClusterID %in% c( 12 ),2]='Endothelial <em>cell</em>' celltype[celltype$ClusterID %in% c( 14,15 ),2]='Liver bud hepatic <em>cell</em>' head(celltype) celltype table(celltype$
70210编辑于 2023-12-13 - 来自专栏生信菜鸟团
单细胞测序揭示肝移植术后细胞图谱
近日肝移植领域发表一篇单细胞测序文章，题目为Landscape of Immune Cells Heterogeneity in Liver Transplantation by Single-Cell 相对于正常肝组织，CCR6+CD4+ T细胞、耗竭性CTLA4+CD8+ T细胞和增殖性MKI67+CD8+ T 细胞在移植肝中占比显著增高，CD1c+ DC, CADM+DC, MDSC, and FOLR3+ Kupffer 不同髓系细胞驻留于肝组织内 该研究对髓系细胞进一步分群，拿到了树突状细胞、kupffer细胞、巨噬细胞和单核细胞在内的14群细胞，其中kupffer细胞是用MARCO, TIMD4, CD5L和VCAM1
1.7K30编辑于 2022-05-24 - 来自专栏单细胞天地
联合单细胞与TCGA数据建立肝癌预后模型
文章信息 题目: A novel prognostic model based on single‑cell RNA sequencing data for hepatocellular carcinoma 期刊: Cancer Cell International (IF=5.722) 日期：2022-1-25 DOI: https://doi.org/10.1186/s12935-022-02469- 其中分为了25个cluster，为每个cluster鉴定marker gene 有5种细胞类型包含多个cluster，分别是CD4 + cytotoxic T cells、Kupffer cells、
3.1K40编辑于 2022-03-14 - 来自专栏生命科学
TNF 又见 《Cell》| MedChemExpress
首先， 研究人员期望在临床样本中找到 T-cell 来源的 TNF 对于肿瘤患者的潜在影响。他们利用癌症基因组图谱（TCGA）分析的方式，并没有发现 TNF 的表达与患者生存之间的存在必然的联系。 原文链接 Cell. 2019 Jul 9. pii: S0092-8674(19)30677-4. doi: 10.1016/j.cell.2019.06.014.
45520编辑于 2023-02-27 - 来自专栏单细胞天地
这近100种单细胞亚群的2348个标记基因好用吗
让我们打开这些基因列表csv文件看看 作者在这里把血液免疫细胞跟其它细胞区分开了： 9 blood_cell_category_rna_MAIT.tsv 20 blood_cell_category_rna_T-reg_Cell.tsv 42 blood_cell_category_rna_basophil_Cell.tsv 2 blood_cell_category_rna_classical_Monocytes.tsv 27 blood_cell_category_rna_eosinophil_Cell.tsv 3 blood_cell_category_rna_gdT-cell_Cell.tsv .tsv 2 blood_cell_category_rna_naive_T-cells_CD8.tsv 88 blood_cell_category_rna_neutrophil_Cell.tsv noBlood_Inhibitory_neurons.tsv 14 noBlood_Intestinal_goblet_cells.tsv 3 noBlood_Ionocytes.tsv 5 noBlood_Kupffer_cells.tsv
61231编辑于 2023-08-31 - 来自专栏生信菜鸟团
读《Single Cell Biomedicine》
闲暇时，在书库里面搜索的时候看到了这本书：Single Cell Biomedicine，也是Xiangdong Wang 老师参编的。 不能手里拿着锤子就看什么都是钉子，也不能一看到Single Cell 就想到scRNA,scVDJ，scATAC，应该想到在微环境中活生生的，细胞间相互交流，细胞内各种调控的细胞生态。 本书是编著，所以是围绕Single Cell Biomedicine这个主题几位专家展开的讨论。开卷是有益的，看大牛们的讨论，形成自己的思考。单细胞打开了一个维度，巧的是，单细胞本身也是一个维度。
63020发布于 2021-10-12 - 来自专栏生信技能树
使用 CellTypist 进行免疫细胞类型分类
adata_2000.obs cell_type cell1 Plasma cells cell2 precursor', 'ILC1', 'ILC2', 'ILC3', 'Immature B cells', 'Kidney-resident macrophages', 'Kupffer cell3 gamma-delta T cells cell4 Plasma cells cell5 cell1996 Neutrophil-myeloid progenitor cell1997 Neutrophil-myeloid progenitor cell1998 Neutrophil-myeloid array(['DC1', 'Endothelial cells', 'Follicular B cells', 'Kupffer cells', 'Macrophages', 'Mast
8.9K72编辑于 2021-12-29 - 来自专栏机器人小农
程序分析之CELL
首先是CELL程序，这里可以看到有很多的修改，去掉了常规的check home步骤，和前面的home点，取而代之的是几个中断。 1~8行：常规的CELL程序头，初始化。 9行：中断25，从字面上看得出这是个通过输入信号来触发的中断声明，输出信号的定义是“复位机器人”，并且用中断触发了机器人复位程序。 也就是说当子程序执行时，这个中断一旦触发就回到CELL。 （RESUME 将中断在声明当前中断的层面以下的所有运行中的中断程序和所有运行中的子程序。 ---- 以上我们了解了CELL的程序头，接下来是主循环。 可以看出这里只用了程序号1进行调用，main程序，并没有依托于PGNO来进行程序分配。
1.1K20编辑于 2023-02-20 - 来自专栏移动端开发
Swift 2.0 自定义cell和不同风格的cell
昨天我们写了使用系统的cell怎样创建tableView，今天我们再细分一下，就是不同风格的cell，我们怎写代码。 先自己创建一个cell，继承于UItableviewcell 我们看看 cell 里面的代码怎么写的，我现在把 整个 cell 代码展示出来。 = 1) { // 系统的cell let cell:UITableViewCell = tableView.dequeueReusableCellWithIdentifier text="你真的很帅" return cell } else { // 自定义的cell 的工作，当然也只是简简单单的家了一张图片，思路整体上就是这个思路，给 cell 里面再添加其他控件的大家可以自己动手试试！
1.3K60发布于 2018-01-09 - 来自专栏生信菜鸟团
外泌体多组学03-scMappR包(1)：制造signature matrix
文中描述 溯源结果如下： 细胞溯源结果 那么这里的关键就是：cell-type signature matrix的构建。 ` [1] "Akp3" "Alppl2" "Alpi" $`Human: Liver: Ito cell (hepatic stellate cell)` character(0) $`Human " [568] "Human: Fetal liver: Kupffer cell" : Lung: Brush cell (Tuft cell)" [576] "Human: Lung: Neuroendocrine cell" [577] "Human: Lung: Ionocyte cell"
97320编辑于 2022-04-08 - 来自专栏夏天的前端笔记
display:table-cell属性
display:table-cell指让标签元素以表格单元格的形式呈现，使元素类似于td标签。 IE8+及现代版本的浏览器都支持此属性，IE6/7不支持（可用其他方法实现类似效果）。 同样，display：table-cell属性也会被float，position：absolute等属性破坏效果，应避免同时使用。 如何垂直居中一个标签，也可以用到该属性
34110编辑于 2024-01-18 - 来自专栏DrugOne
Cell | 分子胶水的兴起
Schreiber教授在“Cell”上发表的文章”The Rise of Molecular Glues”。 那么，如何将这个看似无关紧要的功能与CsA对T细胞受体（T cell receptor，TCR）介导信号通路的抑制联系起来呢？ 作者想知道是否还存在类似性质的化合物。 Cell ( IF 38.637 ) .Pub Date : 2021-01-07 , Stuart L. Schreiber. DOI: 10.1016/j.cell.2020.12.020
1.1K20发布于 2021-02-02 - 来自专栏进击的Coder
TensorFlow RNN Cell源码解析
cell. 我们用一个实例来感受一下： import tensorflow as tf cell = tf.nn.rnn_cell.BasicRNNCell(num_units=128) print(cell.state_size LSTM Cell 的结构如下： ? LSTMs 最关键的地方在于 Cell 的状态 和 结构图上面的那条横穿的水平线。 Cell 状态的传输就像一条传送带，向量从整个 Cell 中穿过，只是做了少量的线性操作。这种结构能够很轻松地实现信息从整个 Cell 中穿过而不做改变。 ? 我们用一个实例感受一下： import tensorflow as tf cell = tf.nn.rnn_cell.GRUCell(num_units=128) print(cell.state_size
1.5K50发布于 2018-04-04 - 来自专栏数字芯片
低功耗设计 | isolation cell
在 multi-voltage design 中，常常用到isolation cell; 本文简单介绍什么是 iso cell， 如何使用 iso cell, 何时需要加 iso cell， iso cell的插入位置。 如何使用 iso cell ？ 通常isolation cell和Level Shifter一起连用，AND和OR门都可以组成一个isolation cell; 1. 3）isolation_cell所占的面积问题。 如果isolation_cell独立，单个isolation_cell所占的面积可以稍微大一些。 下面是lib iso cell： cell(Isolation_Cell) { is_isolation_cell : true; dont_touch : true; dont_use : true;
4.7K40编辑于 2022-02-11 - 来自专栏数字芯片
低功耗设计 | always on cell
有些逻辑需要在关机期间保持活动状态，如Power Switch Cell、Retention Register Cells、Isolation Cells，他们就被称为Always-On Logic Cells Always-On Logic Cell 用在什么地方？ 它与普通cell的区别在于，多了一个secondary power pin，这个second power pin必须连在always on stripe上。 它一般加在feedthrough net上比较多，也可以加SRPG cell的control端或者isolation cell的enable端 feedthrough net SRPG cell isolation cell UPF文件描述always on buffer，如下所示： define_always_on_cell -cells { VIAONPTBUFF} \ buffer cell
2.9K61编辑于 2022-02-11 - 来自专栏Cell的前端专栏
cell-blog 开发记录
Cell Blog 开发记录，项目地址 搭建 php 环境 安装 wampserver 安装 composer 更换 aliyun 源 1 composer config -g repo.packagist mirrors.aliyun.com/composer/ 新建 laravel 项目 1 composer create-project --prefer-dist laravel/laravel cell-blog 1 2 3 4 5 6 7 8 APP_URL=http://cell.blog DB_CONNECTION=mysql DB_HOST=127.0.0.1 DB_PORT=3307 DB_DATABASE =cell_blog DB_USERNAME=root DB_PASSWORD=123456 下载 laravel-admin 1 2 cd cell-blog composer require encore
1.7K40编辑于 2022-02-25 - 来自专栏生物信息云
Cell | SnapShot | 癌症免疫编辑
题目：Cancer immunoediting 期刊：Cell 翻译：小度 文献下载链接：https://pan.baidu.com/s/1zbBPMnfxbJJLsNYpcL0bcA? pwd=fiat 提取码：fiat DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.09.027 虽然免疫系统已经发展到对抗外来病原体，但它也对肿瘤进展产生深远的影响
1.1K10编辑于 2022-12-16
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